復旦大學出版社成立于1980年，2009年改為復旦大學出版社有限公司，系國家教育部主管、復旦大學主辦的綜合性大學出版社。

復旦大學出版社有限公司現(xiàn)設人文編輯部、社科編輯部、理科編輯部、經(jīng)濟管理分社、醫(yī)學分社、外語分社、學前教育分社、南懷瑾項目組、社會讀物項目組、現(xiàn)代學徒制教材項目組、質(zhì)檢中心、校對室、版權部、法務部、裝幀設計部、出版部、宣傳策劃部、營銷部、院校合作部、社辦公室、總編辦、財務部等機構，下轄上海復旦大學電子音像出版社有限公司、上海復旦經(jīng)世書局兩家獨立核算機構。

復旦大學出版社有限公司系全國百佳圖書出版單位、國家一級出版社，在國內(nèi)出版界和大學出版社集群中有著重要的影響力。定位于原創(chuàng)性學術著作和高校優(yōu)秀教材出版，強調(diào)出版社尤其是大學出版社應該承擔起主體出版的重任，堅持大學出版為大學教學與科研服務的宗旨，強化學術出版功能，為繁榮學術和優(yōu)秀文化的傳承做出貢獻。建社至今，有370余種圖書獲得包括中國圖書獎、國家圖書獎、中華優(yōu)秀出版物獎、中國出版政府獎以及教育部中國高校人文社會科學研究優(yōu)秀成果獎在內(nèi)的各種獎勵近千項。在全國大學出版社中，無論獲獎等級還是獲獎數(shù)量和比例，均位居前列。

復旦大學出版社成立于1981年，2001年，與上海醫(yī)科大學出版社兩社合并，成立新的復旦大學出版社，下轄二級社復旦大學電子音像出版社。